הרב קוק מתייחס לנושא זה בתשובה לדוקטור משה זיידל (אגרות הראי"ה חלק א' עמוד ק') :

וענייני המלחמות, אי אפשר היה כלל בשעה שהשכנים כולם היו זאבי ערב ממש שרק ישראל לא ילחם, שאז היו מתקבצים ומכלים חס וחלילה את שאריתם. ואדרבא היה מוכרח מאד גם להפיל פחד על הפראים גם על ידי הנהגות אכזריות, רק עם ציפיה להביא את האנושיות למה שהיא צריכה להיות, אבל לא לדחוק את השעה. ודע שבהלכות הצבור לא ההחמירה תורה כלל לדחוק את רוח העם לחסידות, מפני שאז היתה החסידות הכללית נעשית דרך קבע וחובה, ותכלית התורה היא שתקבע ההערה השכלית בכח אהבה ונדבה. וזהו יסוד כמה קולות שיש בדין תורה ביחס לסדרי המלחמות, ועזיבת האלילים היא נאותה לתעודת ישראל הכוללת. ומובן שמכל מקום היה הדבר המסור לבית דין לראות מצב המוסר של העבודה הזרה ההיא, ולא היו כל העניינים שווים. ובעוונותינו הרבים לא נתפרשו לנו הדברים לפרטיהם, ממיעוט השימוש המעשי מאז אבדנו חוסננו הלאומי, עד אשר ישיב לנו השם יתברך עטרת תפארתנו במהרה בימינו.

הרב כותב כי לא ייתכן שכאשר כל העמים מסביבנו הינם זאבי טרף אכזריים, שעם ישראל לא ישיב מלחמה שערה, כיון שאחרת עם ישראל יחוסל על ידי אויביו. ולא רק זאת, אלא שלעיתים יש צורך להפיל פחד על פראי האדם, אף על ידי התנהגות אכזרית, על מנת שיהיו שרויים בפחד, ולא יעיזו להילחם נגד האומה הישראלית. ואם תאמר כי נפש האדם מושחתת על ידי ההתנהגות אכזרית, והופכת לאכזרית בעצמה, אין זה נכון. מטרת אכזריות זו, היא להביא את האנושות אל מטרתה, לתקן אותה ולא להרוס אותה.

ניתן לראות זאת גם מדברי הרמב"ם על תפקידו של המלך (הלכות מלכים ומלחמותיהם ד, י):

ובכל יהיו מעשיו לשם שמיים ותהיה מגמתו ומחשבתו להרים דת האמת ולמלאות העולם צדק ולשבור זרוע הרשעים ולהלחם מלחמות ה', שאין ממליכין מלך תחילה, אלא לעשות משפט ומלחמות...

כלומר שהמדינה והעומד בראשה קיימים על מנת לספק צדק וביטחון. וכן בתפילת עלינו לשבח אנו אומרים: "יכירו וידעו כל יושבי תבל...ותמלוך עליהם מהרה לעולם ועד" – כלומר: מטרת המלחמה היא קידוש שם ה' בעולמו. הרמב"ם כותב בהמשך הלכות מלכים (ז, טו):

וכל המתחיל לחשוב ולהרהר במלחמה ומבהיל את עצמו עובר בלא תעשה, שנאמר (דברים כ, ג): 'אל יירך לבבכם אל תיראו ואל תחפזו ואל תערצו מפניהם,... ותהיה כוונתו לקדש את שם ה' בלבד

אמנם טבעו של האדם לפחד בעת מלחמה, אך מצוה להתגבר על הפחד. אך יש לזכור שהתורה לא התירה להרוג סתם אנשים. בקוד האתי של צה"ל נאמר כי צה"ל אינו פוגע באזרחים חפים מפשע. זהו משפט מושחת. שכן לפי משפט זה מתקבל, שמי שכן מותר להרוג, אינו חף מפשע. כלומר על פי קוד זה הצבא שם את עצמו במקומו של אלוקים, שיכול לקבוע מי רע ומי טוב. יש להבין שאנו לא יוצאים למלחמה על מנת לעשות צדק. אנחנו לא הורגים במלחמה אנשים רעים, ואין זה מתפקידנו לקבוע מי צדיק ומי רשע (לדוגמא: אם מחבל מסתתר מאחורי ילדים, אזי האחריות על הפגיעה בילדים מוטלת על המחבל שהסתתר מאחוריהם, ולא על החיילים שירו לעברם).

הבעיה היא שכיום המוסר נקבע על פי הרגשות ולא על פי האמת. לפי המוסר של ימינו, מה שיפה הוא טוב ומה שמכוער הוא רע. זוהי קביעה לא נכונה ולא מוסרית.

מלחמת הכלל

בהמשך איגרתו כותב הרב קוק, כי בענייני ציבור התורה לא חינכה למידת החסידות, כלומר ותרנות. כלומר כאשר מדובר בעניינים הנוגעים לכלל האומה אין לוותר, ומכאן גם נובעות ההקלות שהתורה נתנה בעת מלחמה. ובכל מלחמה היתה בידי בית הדין של אותה תקופה הסמכות לקבוע את רמת המוסר והשחיתות של האויב, ובהתאם לכך לקבוע את רמת האכזריות המותרת במלחמה (כמו אלישע הנביא, שבזמן המלחמה עם מואב, ציוה לכרות גם את עצי הפרי, למרות שהתורה אסרה זאת). אך לצערנו, מאז שאבדנו את חוסננו הלאומי, ואין לנו מדריך שיראה את הדרך הנכונה, שכחנו חכמה זו.

שאול המלך, לפני שיצא ללחום בעמלק, שלח מסר לשבט הקיני שיסורו מהעמלקים, אך הוא לא שלח שום מסר לאנשים הטובים שבעמלק שיברחו לפני המלחמה. ואכן שאול הרג גם את הטובים שבעמלק, שכן למרות שהם טובים כפרטים, הם עדיין חלק מהכלל העמלקי. המלחמות שלנו הן מלחמות ה', ומה שקובע את המוסר במלחמה זה לא דרכי הלחימה, אלא צדקת המלחמה, כלומר מטרת המלחמה. אם מטרת המלחמה רעה ולא מוסרית, אזי אפילו אם נהיה רחמנים בני רחמנים זה לא יעזור, ולהיפך אם מטרת המלחמה טובה ומוצדקת, אזי ניתן להיות אכזריים. ולכן אלו שאומרים שהמלחמה היא צודקת, אך עלינו להיות רחמנים, טועים. הכל נקבע על פי רמת המוסריות של האויב. והרי מוטלת עלינו המצוה לנצח במלחמה.

אשרינו שזכינו שהקב"ה נתן לנו את האפשרות לתקן את עולמו גם בדרכי המלחמה.