אולם אין הלכה כרב פפא.
אמרו במסכת שבת דף נה ע''א: ''רב יהודה הוה יתיב קמיה דשמואל, אתאי ההיא איתתא קא צווחה קמיה, ולא הוה משגח בה. אמר ליה: לא סבר ליה מר: (משלי כא, יג) אֹטֵם אָזְנוֹ מִזַּעֲקַת דָּל גַּם הוּא יִקְרָא וְלֹא יֵעָנֶה? אמר ליה: שיננא, רישך בקרירי, רישא דרישיך בחמימי; הא יתיב מר עוקבא אב בית דין. דכתיב: (ירמיהו כא, יב) בֵּית דָּוִד כֹּה אָמַר ה' דִּינוּ לַבֹּקֶר מִשְׁפָּט וְהַצִּילוּ גָזוּל מִיַּד עוֹשֵׁק פֶּן תֵּצֵא כָאֵשׁ חֲמָתִי וּבָעֲרָה וְאֵין מְכַבֶּה מִפְּנֵי רֹעַ (מעלליהם) [מַעַלְלֵיכֶם] וגו' ''.
ופירש רש''י: ''רישך בקרירי - אני שאני רבך איני נכוה, אבל מר עוקבא שהוא ראש לי ולך, ואב בית דין - יכווה בחמין. דכתיב בית דוד וגו' - לא ענש אלא מי שבידו לשפוט''.
גם במעשה זה טען שמואל שלמרות היותו הדיין החשוב, אין האחריות נופל עליו אלא על המנהיג אב בית הדין שמשבט יהודה.
וכתב תוספות מסכת בבא בתרא דף י ע''ב: ''עליונים למטה ותחתונים למעלה - פי' ר''ח דאמרו הגאונים שקבלה בידם רב מפי רב דעולם הפוך היינו שראה שמואל דהוה יתיב קמיה דרב יהודה תלמידיה משום דמיחה בשמואל בפרק במה בהמה (שם דף נה.) גבי ההיא איתתא דאתיא וצוחא קמיה דשמואל ולא אשגח בה א''ל רב יהודה לית ליה למר אוטם אזנו מזעקת דל וגו' ''.
טענתו של שמואל לא נתקבלה בשמים. למרות דתני רבי שמעון בן יוחאי: (בראשית רבה פרשת בראשית פרשה כו, ה) ''כל פרצה שאינה מן הגדולים אינה פרצה'', הדרג הַמְּבַצֵּעַ אינו רשאי להפיל את האחריות על ההנהגה בטענה של ''ראש קטן''.