הבנתי שעובדים עם backbone או knockout
ואז הקוד יותר מסודר או משהו כזה

על מה אתם ממליצים + מדריכים טובים אם יש לכם

כרגע אני כותב בתוך מסמך js שנמצא בתקיה scripts של mvc.net

דבר שני

כשאני כותב html כמחרוזת כי אני עובד בצורה דינמית
ובונה חלק מהדפים אצל הלקוח
אז העניין כשכותבים ככה אז אין מנגנון שאומר לי שכתבתי נכון עם צבעים וכו'

יש איזה כלי או שיטה שבכל זאת אני אוכל לראות מה לא בסדר לפני שאני מריץ?

לגבי הJS יש אפשרות לכתוב אותה בצורת אובייקטים ואז יכול להיות שכל הסיפור יהיה לך יותר מסודר לא משנה איך אתה כותב.
אני לא מכיר את backbone או knockuout לעומק אלא רק שמעתי באופן כללי אבל אני יכול להגיד לך על angularjs שזו סביבה שמרחיבה בטירוף את היכולות של הhtml ובאמת שומרת על סדר יחסי בכל החלק של הjavascript.

אני יכול להמליץ על ספר מעולה - ng-book.