כידוע מרן הגר"ש כיהן כנשיא ועד הישיבות, ומשכך, חלקו בעניין הפעילות לשחרור בני הישיבות מחובת הגיוס לצבא גדול מאוד, אם כי חלק גדול מפעילות זו נעשתה הרחק מאור הזרקורים. כבר בפעילות "חוק טל" העסקנים היו עולים להיוועץ תמידים כסדרן עם מרן הגר"ש וואזר זצוק"ל, מרן אף קיבל בביתו את חברי "ועדת טל" החילוניים ונשא בפניהם דברים, ראה כאן: www.bhol.co.il/article_old.aspx?id=66685 , במטרה להסביר להם את חשיבות מתן הדיחוי לבני הישיבות. כאשר היו רבנים שהיו בפיהם טענות על הפעילות בנושא, כינסם מרן בביתו במטרה להסביר להם את אופן הטיפול בנושא.
כאשר עלה חוק טל להצבעה בכנסת, והיתה שאלה כיצד יצביעו חכ"י דגל התורה, הכריע מרן הגרי"ש כי יש לספור את דעתו של מרן הגר"ש בין דעות חברי מועצת גדולי התורה של דגל התורה, ומרן הגר"ש הכריע כדעת מרן הגראי"ל שליט"א שיבלחט"א.
גם כאשר התעוררה לאחרונה שוב סכנת גזירת גיוס בני הישיבות, נערכה אסיפה בביתו של מרן הגראי"ל שטיינמן שליט"א, בה נשא דברים ואמר:
"זה דבר פשוט שהאסיפה היא אסיפה של צדיקים לשם שמים כדי לחזק את מעמדם של כל הישיבות וכל המוסדות של ועד הישיבות לאחר שהר"ר אשר טננבוים זצ"ל שבק חיים לכל ישראל, והי' לי הזכות שאני ישבתי עוד עם הגר"י אברמסקי והאדמו"ר מסלונים והאדמו"ר מגור ועם הרב שך וכל יתר הראשי ישיבות בועד הישיבות, ותמיד יכלו להבחין שכל הכונה היתה בלתי לה' לבדו מכ"ש בעת צרה כזאת כשיש חשש של גיוס בני הישיבות, צריך לחזק את הייצוג של בני הישיבות כלפי הצבא שיהי' בדרכי נועם בדרכי חסד ובדרכי שכל, ממילא הרגשתי חיוב להשתתף בכינוס לשם שמים בביתו של ידידי הגדול ה' יאריך ימיו ושנותיו, והקב"ה יעזור שיהיו דברינו נשמעים לעבודתו לזכות להעמיד את ועד הישיבות באופן כזה שגם במצב כזה יהי' החלק של הסגולה חלילה וחלילה שהבחורים יזכו שלא יצטרכו ללכת לגיוס, ובפרט שעומד על הפרק תורת אר"י כידוע מה שכתוב במדרש עה"פ זהב הארץ ההיא טוב שאין תורה כתורת ארץ ישראל, ואני רוצה להזכיר שכאשר בזמן החת"ס זי"ע ועכ"י גזרו הגזירה על הגיוס, שכל בחור צריך ללכת לצבא, ושם הי' קשה מאד, נכנס החת"ס לביהמ"ד ופרץ את ארון הקודש ובכה ואמר מה לך אב שהגלה בניו, מה יש לך אבינו שבשמים בזה שהכנסתנו לגלות שכעת אנו מחויבים ללכת. וזה הי' בחו"ל בערך לפני 200 שנה. ומה נאמר ומה נדבר כשהגזירה תגיע מזרע אברהם יצחק ויעקב, הבנים שפרקו מעליהם עול מלכות שמים עאכו"כ, מבקשים אנו מהקב"ה שיהי' לנו הס"ד להעמיד הדת על תילה, ולחזק הישיבות והמוסדות השייכים לחוגים שלנו, ונקוה שבזכות זה נחזיק מעמד עד ביאת משיח צדקנו בב"א".
ההקלטה פה:
http://kvarhaya.blogspot.co.il/2014/02/blog-post_24.html