hibernate - אם יצא לך לעבוד עם תשתיות בעבר בPHP או בכול שפה אחרת, אז בטוח נתקלת במושג ORM, אז hibernate הוא ORM בקוד חופשי, כמובן שאתה לא חייב להשתמש בו, אבל זה די נוח שהדטאבייס שלך ממופה לאובייקטים בשפה שבה אתה כותב כנ"ל לגבי ibatis.Servlet הוא הרכיב המרכזי שרץ בצד השרת, מה שאומר שדרכו אתה יכול לשלוט בכול הHttp Request שמגיעים מצד הלקוח ולטפל בהם.
Facelet היא מנוע טמפלטים שהיא תשתית בפני עצמה, אבל במידה ואתה עובד עם התשתית JavaServer Faces אז היא הView Handler כברירת מחדל.
JSP - ר"ת של Java Server Pages - אין יותר מדי מה להרחיב פה, ההגדרה הפורמלית של הטכנולוגיה תוכל למצוא פה: http://he.wikipedia.org/wiki/JavaServer_Pages
GlassFish/Tomcat - שרתי אפליקציה, שלא תתבלבל הם לא מהווים תחליף לApache האהוב ואפילו מומלץ לשלב בניהם, Apache עובר מהר יותר מTomcat כשמדובר בעמודים סטטיים, הוא הרבה יותר בר קונפיגרציה מאשר Tomcat, הוא הרבה יותר יציב מTomcat, הבעיה היחידה איתו שהוא לא תומך בServlets או בJSP פה נכנס המנוע של Tomcat שאמור לתת לך מסגרת ל2 הדברים האלו, התהליך שאמור לקרות הוא שכול הבקשות יעברו דרך Apache אבל לעמודי JSP פשוט ייתבצע Forward לTomcat.
EJB - עוד תשתית שאמורה לתקשר עם הדטאבייס, אם בא לך לקרוא עליה עוד אז:
http://en.wikipedia.org/wiki/Enterprise_JavaBean
Java Beans - מחלקות שנועדו להכיל בתוכן אובייקטים רבים, ולאחד אותם פשוט לאובייקט אחד, סוג של Registry.
Session Beans הוא חלק מEJB ולפי מה שקראתי אמור לעבוד בדיוק כמו Sessions בPHP.
http://en.wikipedia.org/wiki/Session_Beans
Containers הם ממשקים שאמורים לגשר בין הקומפננטות שלך(EJB,APPLET ועוד...) לבין הפונקציונליות שאתה מעוניין לממש דרכם(במידה ותומכים בה).