מערכות ההפעלה 98, ME, W2K, XP - תומכות במערכת קבצים FAT32.
מערכות ההפעלה NT,W2K, XP - תומכות במערכת קבצים NTFS.הגבלות:
גודל מקסימלי של מחיצה בשני מערכות הקבצים הוא 2TB.
גודל קובץ מקסימלי במערכת קבצים FAT32 הוא 4GB.
גודל קובץ מקסימלי במערכת קבצים NTFS הוא גודל המחיצה - אין הגבלה.
מחיצה שמוגדרת במערכת קבצים FAT32 חייבת להיות גדולה מ 2GB.
ביצועים:
FAT32 - ביצועים גבוהים למחיצות קטנות. ביצועים נמוכים למחיצות גדולות.
NTFS - ביצועים נמוכים למחיצות קטנות. ביצועים גבוהים למחיצות גדולות.
בנוסף, במערכת קבצים NTFS יש שליטה על הרשאות בנתונים, אילו אפשר לקרוא, לכתוב, לעתיק, להריץ וכו'.
יש עוד הבדלים שוליים, אני הדגשתי רק את החשובים.