חשוב שתסמן במסך הזה שייצור Activity חדש, אחרת תצטרך ליצור לבד, תעשה נקסט עד שתגיע למסך שהראיתי מקודם.

איפה אני מתחיל לכתב את הקוד בעצם זה חסום לי שם, אני חושב שהבעיה אחי בזה שאני לא יכול ללחוץ על פיניש זה בגלל השם ברגע שאני משנה את השם של הפרויקט זה סוג של מסתדר, דרך אגב כל האקטיביטי בסוף למה זה משמש? החלק הזה:

הקוד עצמו יושב בתוך תקייה Project Name -> src
כל קובץ שכאן הוא למעשה קבצי הJAVA של התוכנית, לחלקם יש Activity ולחלקם אין, אתה כמובן זה שקובע.
הקביעה נעשית באמצעות Intent שמוגדר בAndroidManifest.xml אבל זה לאחר כך.

לגבי הבעיה עם פתיחת קבץ, גם לי יש בעיות עם ADT מידי פעם, בד"כ מסתדר ע"י סגירת פרוייקטים פתוחים ופתיחה מחדש, אני לא יודע מאיפה הורדת, אבל אני הורדתי מפה:
http://developer.android.com/sdk/index.html

לפעמים מקלקלים קצת הגדרות, אז עדיף לפתוח קובץ נקי (של אקליפס)
אצלי זה נראה מעט שונה, אולי תוריד את הגרסא הזאת ותראה אם מסתדרות הבעיות.

עוד פיתרון, הוא לנסות לבחור Workspace חדש נקי, גם פותר הרבה בעיות.

אגב את כל הדברים יש במדריך ההוא שהבאת, פשוט תעקוב אחריו, הוא מסביר על רוב הדברים החשובים.