יש מס' סוגי עמלות:

עמלת אי הודעה מוקדמת - בד"כ 0.1% מהסכום שאתה פורע,
במידה ואתה מודיע לבנק תקופה מסויימת לפני שאתה פורע את המשכנתא,
או אם אתה פורע ביום התחנה - אתה פטור מהעמלה הזאת.

עמלה תפעולית - עמלה על עצם ביצוע פעולת הפרעון - אין אפשרות להמנע ממנה. בד"כ מדובר בכמה עשרות שקלים.

עמלת הפסד כלכלי (היוון) - זה בד"כ הסכום המהותי יותר שאתה משלם כאשר אתה בא לפרוע משכנתא, ניתן להמנע ממנו במידה ואתה פורע במועד התחנה.
מדובר בעמלה בגין ההפרש בין הריבית שיש היום במשק לאותו סוג הלוואה שאתה פורע, לבין הריבית שיש לך בהלוואה שאתה פורע (או הפרש מהריבית ההממוצעת שהייתה נהוגה בתקופה שבה לקחת את ההלוואה - הנמוך מהשתיים). ההפרש הנ"ל מחושב על היתרה המהוונת של המשכנתא עד התחנה הקרובה, או עד סוף התקופה (המוקדם מהשתיים).
לדוגמא: אתה פורע משכנתא שאתה התחייבת בגינה לשלם לבנק ריבית של 5%, והריבית ההממוצעת במשק לאותו סוג משכנתא כיום היא 3%, אז אתה תשלם לבנק, כביכול, בגין ההפסדים על הריבית שהוא יכל לקבל ממך בתקופה הזאת (כפי שהתחייבת לשלם לו) לבין הריבית שהוא יקבל היום מלקוח אחר שיקח ממנו את הכספים הללו בריבית נמוכה יותר.

עמלת הפרשי שער (בהלוואות מט"ח) - קצת פחות נפוצה היום,
עמלה שתלוייה בשינוי בשער לאחר פרעון הלוואת המט"ח - לצערי אני לא זוכר לתת פירוט מדוייק יותר - תשאל את הבנק שלך, אם זה רלוונטי.