אין פה תהליך של קומפילציה
פשוט תעתיק את הקבצים ותריץ ברשת כמו שהרצת לוקלית.. אל תשכח להתקין את כל מה שהשרת צריך ב NPM או אם יצרת קובץ בסביבה הלוקלית את פשוט
תעתיק את PACKAGE.JSON לשרת ותעשה NPM INSTALL
בקשר למונגו מן הסתם תתקין את אותו על הסרבר
אני מאמין שאתה משתמש ב MONGOOSE אז את כל המניפולציות אתה עושה בקוד.. ככה שצריך רק להתקין את מונגו ולהעתיק את ה DB