ב-19 בפברואר 1473 נולד ילד לסוחר העשיר ניקלאס קופרניגק בעיר ההנזה טורן. הוא קורא לו בזמן טבילתו בשם ניקולאוס.

כאשר מלאו לניקולאוס עשר שנים, מת עליו אביו. היתום הצעיר נלקח לביתו של דודו, הדוקטור לוקאס ואצנרודה, שהיה לימים הבישוף של קולם.

ניקולאוס קופרניגק הצעיר, שנקרא אחר כך בשם קופרניקוס, (Nicolaus Copernicus9) ביקר בבית הספר בקולם. בהיותו בן 18 עבר לקרקוב, בה נרשם בחורף 1491 לאוניברסיטה היאגלונית המפורסמת וסיים את המחלקות למדעים הומניים מתמטיקה.

קופרניקוס למד מתמטיקה ואסטרונומיה באוניברסיטת קרקוב. בזכות השפעתו של דודו מונה קופרניקוס לקנון (פקיד כנסייתי) של הכנסייה הקתולית. הוא השתמש בהכנסות מהתפקיד כדי לעזור לשלם עבור לימודיו.

בגיל 24 עבר קופרניקוס ללמוד משפטים ורפואה באוניברסיטאות של בולוניה, פדובה ופרארה באיטליה. כשלמד באוניברסיטת בולוניה, החלה גוברת ההתעניינות שלו באסטרונומיה. הוא התגורר בביתו של הפרופסור למתמטיקה דומיניקו מריה דה נובארה, שעודד את העניין של קופרניקוס בגיאוגרפיה ואסטרונומיה ובעקיפין השפיע עליו להטיל ספק באמונות המקובלות באסטרונומיה.

קופרניקוס חזר לפולין בשנת 1503. במשך שבע השנים הבאות עבד כמזכירו הפרטי של דודו ששימש באותה עת הבישוף של חבל ארם. בעודו מבצע את חובות הכנסייה ועבודה ברפואה מעשית הוא גם למד אסטרונומיה. בימיו של קופרניקוס רוב האסטרונומים האמינו בתאוריה שיפתח האסטרונום היווני תלמי למעלה מ-1,000 שנים קודם לכן. תלמי טעןש כדור הארץ היה במרכז היקום ולא זז. הוא האמין כי כל הגופים השמימיים האחרים היקפו במסלולים מורכבים את כדור הארץ.

קופרניקוס הרגיש שהתאוריה של תלמי הייתה שגויה. במועד בלתי ידוע בין 1507 ו-1515, הוא הפיץ לראשונה את עקרונות האסטרונומיה ההליוצנטרית, לפיהם השמש נמצאת במרכז ולא כדור הארץ. התצפיות של קופרניקוס על השמים נעשו בעין בלתי מזוינת. הוא נפטר יותר מחמישים שנה לפני שגלילאו הפך לאדם הראשון שחקר את השמים באמצעות טלסקופ.