הבוקר (ה') נפתח משפטו של הרב הראשי לשעבר יונה מצגר, שהואשם בעבירות שוחד בסכום של שמונה מיליון שקלים, עבור גיורים והשתתפות בכנסים. עם פתיחת המשפט, נקבע שלב ההוכחות לינואר 2017.

שופט בית משפט המחוזי בירושלים משה יועז הכהן, נענה חלקית לבקשת סנגוריו לדחות את הדיון הבא, על מנת שיספיקו לעבור על חומרי החקירה הרבים, הנפרשים על פני עשרות קלסרים והאזנות סתר שנאספו במשך כשנתיים. הדיון הבא נקבע לראשון ביולי. שלב ההוכחות בתיק נקבע לחודש ינואר 2017, וצפוי להתנהל בתדירות של שלוש ישיבות בשבוע.

ה' מצגר מואשם בעבירות של שוחד, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, גניבה בידי מורשה, הלבנת הון ועבירות מס בעת ששימש בתפקיד הרב הראשי לישראל.

באחד מסעיפי האישום נכתב כי ה' מצגר הדיח את נהגו האישי ומקורבו, חיים אייזנשטט, בניסיון לגרום לו להעיד גרסה שקרית בחקירתו. לפי האישום, בעת שישב שבעה על אמו, הבטיח הרב לנהג שהגיע לביקור ניחומים כי אם ''ישמור עליו'' הוא יגמול לו טובה וידאג לכל מחסורו. כמה ימים מאוחר יותר, הפציר ה' מצגר באייזנשטט כי ימשיך לשמור עליו.

כזכור, ב-20 ביוני 2013 הוא נעצר על ידי היחידה הארצית לחקירות הונאה, לאחר חקירה סמויה שנוהלה נגדו במשך מספר חודשים. על פי החשדות, הוא ומקורביו לקחו לעצמם מאות אלפי שקלים מכספי תרומות. בתום חקירתו נשלח למעצר בית למשך חמישה ימים, והשעה עצמו מחלק מתפקידיו.

ב-18 בנובמבר 2013 נעצר שוב על רקע החשדות הקודמים בדבר הלבנת הון, וכן שיבוש מהלכי חקירה והדחת עדים. בית משפט השלום האריך את מעצרו בתשעה ימים.

באוקטובר 2015 הוגש כנגדו כתב אישום, ובו מספר רב של עבירות בסעיפי לקיחת שוחד, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, העלמת מס, הלבנת הון, הדחה בחקירה ועוד.