בשעות הבוקר המוקדמות - לאחר כ-8 שעות, הסתיימה פעילות כוחות צה"ל, הימ"מ והשב"כ בעיר ג'נין, במהלכה נפצע לוחם ימ"מ באורח בינוני. במהלך המעצרים, הרסו כוחות צה"ל את הבית שנחשד כבית בו שהה לכאורה אחד המבוקשים פעיל חמאס. טרם ברור מה עלה בגורלו והאם אכן שהה שם באותה העת.
באותו אירוע כאמור נפגע לוחם ימ"מ מירי ונפצע באורח בינוני, בצה"ל בודקים האם הלוחם נפגע מאש כוחותינו.
במהלך ההתנגדות למעצר המבוקשים, נפצעו חמישה פלסטינים שפונו אל בית החולים בג'נין.
בזמן המעצרים התפתחו הפרות סדר, מאות פלסטינים יידו אבנים והשליכו בקבוקי תבערה ומטענים לעבר כוחות הביטחון. כמו כן, דווח על שמיעת ירי - מוקדם יותר דיווחו כי בוצע ירי לעבר הכוחות, ויתכן כי היה זה ירי כוחותינו.
בסביבות השעה 5:30, לאחר כ-8 שעות פעילות, יצאו כוחות הביטחון מגזרת הפעילות בג'נין.