דגל התורה קיימה ישיבת הנהלה הארצית עם רבני התנועה, ובהשתתפותם של חברי הכנסת יו''ר ועדת הכספים משה גפני ואורי מקלב, כשבמרכז הדיונים עלו נושאי פרצות השבת ברחבי הארץ, הרפורמים, ההישגים בכנסת, ההסכמים הקואליציוניים בחיפה וההסכמים הפנימיים בין אגודה לדגל בירושלים.
דיון נרחב התקיים אודות הסכמים מוניציפאליים שלא קוימו: גפני הזכיר את ההסכם שנחתם בירושלים ערב הבחירות האחרונות, הקובע כי אם יהיו שמונה נציגים לרשימת יהדות התורה, על נציג אגו''י להתפטר לטובת נציג דגל התורה. סעיף נוסף קובע, שאם תתמודד רשימה פלגנית ותגרום למיעוט נציגים, הרי שעניין הרוטציה יובא להכרעת גדולי התורה או נציגיהם.
''עם היוודע תוצאות הבחירות, התברר שלא היתה ירידה בנציגים, ונותרו 8 נציגים כפי שהיו. לפיכך אין מניעה לקיים את ההסכם'', טען גפני. שהוסיף, כי גם אם ''מיעוט נציגים'' נקרא מיעוט קולות, כפי שיש המנסים לטעון בתוך אגודת ישראל (בבחירות תשס''ט קיבלה יהדות התורה – 54,026 קולות ואילו בבחירות בתשע''ד – 53,708 – ירידה של כמה מאות קולות), הרי שלפי ההסכם, העניין צריך לבוא להכרעת גדולי ישראל או נציגיהם. ''פניתי במכתב ליו''ר אגו''י בירושלים מאיר פרוש והצעתי את 'ועדת הרבנים' של 'דגל התורה' בירושלים שהם ייצגו אותנו בבוררות בנושא, אך עד כה לא התקבל אף מענה מהצד הנתבע''.
כמו כן הועלה המקרה באי קיום ההסכם הקואליציוני בחיפה. ''מדובר במקרה חמור ושפל, בו ראש עירייה מהגדולות בארץ, מפר ברגל גסה ומשקר במצח נחושה הסכם שחתום על ידו. על סמך ההסכמים עמו תמכנו ביונה יהב, אך הוא מצדו אינו רואה לנכון לקיים על מה שידו חתמה'', אמר גפני, ''אנו רואים בחומרה רבה את העובדה כי ראש העירייה מפר הבטחה מפורשת שלו וחתומה על ידו, רק בגלל שנציג התנועה מיכאל אלפר פועל לטובת הציבור החרדי שבחר בו, אנחנו דורשים מאגודת ישראל, לתמוך במאבקנו זה ולעמוד בדרישה בחזית אחידה מול ראש העירייה''.

יצויין, כי יו''ר 'דגל התורה' ח''כ משה גפני ממשיך לךהסתער על המאבק בחיפה ומאיים מפורשות נגד ראש העיר יהב בעקבות אי כיבוד ההסכם הקואליציוני: ''אני לא מציע לו לבחון אותנו''.
בראיון ל'קול חי' סיפר גפני כי ראש העיר יונה יהב ורעייתו ביקרו אצלו אמש בלשכה בכנסת בהפתעה: ''אמרתי לו את מה שאני חושב, אמרתי לו שעם כל העשייה שלו ושיתוף הפעולה במשך השנים, הוא יוכתם יותר מכל אחד במערכת הפוליטית לאחר שהוא לא כיבד הסכם שהוא חתום עליו''.
גפני איים: ''הוא יקבל אותנו כאופוזיציה ממש, היינו שותפים הוא לא יכול לבוא אחרי שהוא נבחר ולומר אני לא רוצה את מיכי אלפר שהוא נציג יוצא מן הכלל, לא מוצא חן בעיניו של יהב? זו בעיה שלו! הוא לא יכול להפר הסכם''.
לטענת גפני יהב בחר שלא למנות את אלפר למרות האפשרות להדיחו בכל עת: ''בגלל זה אם אלפר יעשה פעולות סותרות להסכם הקואליציוני תמיד הוא יכול לפטר אותו ולהוריד לו את הסמכויות''.
''אמרתי לו אתה מכתים את השם שלך, אם הוא יתמיד בעקשנותו – אני לא מציע לו לבחון אותנו באופוזיציה שישאל את יאיר לפיד איך זה שיהדות התורה באופוזיציה''.