מחלוקת אדירה בין רבני הפלג בבני ברק להגר''ש אוירבך על אופן הפעלת ותקצוב הסמינר החדש שהם פותחים בבני ברק.כיתות הסמינר הנמוכות יופעלו כרגיל במימון משרד החינוך (דרך מוסדות עוקפים, כרגיל ברוב המוסדות שפתחו).
באשר להפעלת כיתות ה' ו' יש מחלוקת גדולה שמעיבה על התוכניות.
בעוד הגר''ש אוירבך מבקש להפעיל את הסמינר במתכונת שמופעל בה הסמינר מאשדוד, שזה אומר לימודי מקצוע, לא כולל לימודי הוראה, והמימון מגיע ממשרד הכלכלה.
הרבנים שנקר ודויטש מציגים מכתב מהגרי''ש אלישיב שיש ללמד רק לימודי הוראה, ומבקשים ללמד הוראה ולקחת תקציבים ממשרד החינוך. הגר''ש אוירבך אומר שמכתב הגרי''ש אינו נוגע אלא למוסד שלוקח תקציבים ממשרד החינוך, ולא למסגרת הממומנת ע''י משרד הכלכלה.
ככל הנראה המניע העיקרי למחלוקת הוא החלום של הרבנים שנקר ודויטש לחזור יום אחד למיינסטרים של הציבור החרדי ולקבלת תפקידי הוראה במוסדות, לעומתם הגר''ש אוירבך כבר הולך בלב שלם לפילוג מוחלט מה שמטיל ספק על היכולת לקבל משרות במוסדות החינוך הסטנדרטים.
