ברבות השנים נכתבו נוסחים שונים בתפילה זו, יש שנכתבו עבור מעפילים שמתו בדרכם למולדת, ויש שנכתבו עבור חללי הפלת מטוס 'אל-על' בשמי בולגריה ועוד ועוד. כידוע, גם לששת מיליון קורבנות השואה נכתב נוסח בפני עצמו, טקסט שביצע בטקס היום ביד ושם החזן העולמי ישראל פרנס. הטקסט שנכתב עבור קורבנות השואה ע''י הרבנות הראשית עורר סערות רבות בעבר, להלן בקצרה, מתוך ויקפדיה: כבר במהלך השואה חיברה הרבנות הראשית נוסח אל מלא רחמים לזכר קורבנות היטלר. נוסחים שונים לזכר קרבנות השואה נכתבו במהלך השנים. אחד ההבדלים, שעורר דיון ציבורי נרחב, נגע לציון זהות הרוצחים. בין הנוסחים שהיו בשימוש היו שהתייחסו אל המרצחים כ''הנאצים ועוזריהם'' , ''המרצחים הגרמנים'' או ''הצוררים הגרמנים'' והיו שכלל לא ציינו את זהות המרצחים. בשנת 1960, הנשיא, יצחק בן צבי, ביקש לתקן את הנוסח של הרבנות הראשית לישראל ולכלול בו אזכור מפורש שהרוצחים היו ''הנאצים הגרמנים, בני בריתם וגרוריהם''‏. בטקס שנערך אותה שנה ביום השואה צויין שהקרבנות הומתו בידי ''רשעי העולם'' דבר שהביא למחאות חריפות ולהאשמות בטיהור המרצחים וסילוף ההיסטוריה שהופנו כלפי יד ושם, בין השאר בידי הרב מרדכי נורוק. יד ושם טען להגנתו שלא הוא קבע את הנוסח, אלא השתמש בנוסחים שונים שהובאו על ידי החזנים‏. לקראת יום הקדיש הכללי שלאחר מכן ביקשה מועצת הרבנות הראשית לקבוע נוסח אחיד לתפילת אל מלא רחמים לקורבנות השואה. ב-1962, השתמש יד ושם בנוסח ''הנאצים ועוזריהם'', שהיה הביטוי ששימש את הכנסת בחוקים שונים, לטענתו בהיעדר נוסח של הרבנות. מהרבנות טענו לעומת זאת שהם העבירו נוסח שציין מפורשות את ארצות ההשמדה וכללו במפורש את גרמניה, פולין והונגריה.
עניין נוסח אחר בתפילה על קרבנות השואה נוגע לאזכור דרכי ההמתה. היו שהשתמשו בפועל ''שנשרפו''‏ או בציון ''שנרצחו במיתות משונות''‏, אך ברוב הנוסחים הופיע פירוט רב יותר, למשל: ''שנשרפו, שנהרגו ונשמדו''‏ או ''שנהרגו, שנחנקו, שהוטבעו, שנשרפו, ושנקברו חיים‏. הנשיא ציין נוסח שכלל ''שנהרגו, שנשחטו, שנשרפו, שנטבחו, שנחנקו, ושנקברו חיים'' וביקש להוסיף ''ושנחטפו והובלו למוות''‏.
ענייני נוסח אחרים שהופיעו בחלק מהגרסאות כללו את מספר הקורבנות (מאות אלפים, אלפים רבים, מיליונים, ששה מליון), ציון שהקרבנות כללו ''אנשים ונשים ילדים וילדות'', ציון ארצות המוצא של הנרצחים וציון מחנות ההשמדה העיקריים. כן נוסף בחלק מהנוסחאות ''ארץ אל תכסי דמם''‏.
הטקסט נכתב בסיוע ויקפדיה וחוקר ההיסטוריה אבנר שמאי.