לאחר אינספור דחיות ועתירות לבג''צ, מאחז עמונה פונה היום (רביעי). אלפי שוטרים וחיילים הגיעו למאחז החל משעות הלילה ומנעו כניסת פעילים למקום. בשעות הצהריים החל הפינוי עצמו כאשר מאות שוטרים מתקדמים צעד אחר צעד לעבר בתי היישוב.
החשש והמתח הגדול היה מפני אלימות בני נוער שיתנגדו באמצעים אקטיביים לפינוי, ומתגובת כוחות הביטחון ובמשטרה במקרה זה. לעמונה היסטוריה קשה של אלימות מצד המשטרה והצבא כלפי הצעירים, ובקרב לא מעט מראשי המגזר יש חשש מפני מראות דומים לטראומה הקשה במאחז לפני למעלה מעשור.
רבנים ומנהיגים בימין קראו שלא לפעול באלימות. על פי המידע שמפרסמת המשטרה, אחת המשפחות הסגירה לידה אמצעי לחימה רימוני הלם ופצצות תאורה. החשש היה שבידי צעירים, בעיקר אלו המכונים 'נוער הגבעות', ישנם אמצעים נוספים בהם הם עלולים לעשות שימוש באם תחול הסלמה.
ההוראות למתיישבים היו להקשות ככל היותר על הפינוי. נודע כי פעילים הדריכו את התושבים וכמה מאות הצעירים שהצליחו להיכנס לשטח הישוב, למרות צו הסגירה הצהלי, לקשור עצמם לרהיטים, ולהביא לכך שכדי לפנות אדם אחד יאלצו ארבע שוטרים לשאתו.
מדוברות המשטרה נמסר בבוקר כי ''בהתאם להחלטת בית המשפט ועל פי הנחיית הדרג המדיני, לפני זמן קצר החל החלק המשטרתי במבצע לפינוי הישוב 'עמונה'- מבצע ''גן נעול''. משטרת ישראל נערכת לבצע את התפקיד שהוטל עליה בתוך המבצע הכולל שנמצא תחת פיקוד צה''ל''.
מסביבות שעה 11 החלו לזרום מאות שוטרים, לבושים במדים מיוחדים, האמורים לשדר תחושה פחות נוקשה, וכשהם ללא נשק אלות או קסדות - על כביש הגישה אל הישוב.
ההתקדמות לעבר הבתים נעשתה תוך כדי עימותים אלימים עם פעילים צעירים, מספר שוטרים נפצעו בעימותים. צעירים רעולי פנים יידו אבנים לעבר הכוחות ואף הבעירו צמיגים תוך שהם קוראים שלא לקחת חלק בפינוי. המתבצרים הציבו מכשולים סביבם, זאת במטרה לעכב את פעולות הפינוי. הצעירים אף גידפו את השוטרים וקראו להם לסרב פקודה. ''המעשים שאתם עושים לא יהודיים'', קראו הצעירים. זמן קצר לאחר כניסת הכוחות, שוטר מג''ב הודיע כי הוא מסרב פקודה וזכה לחיבוקים מאנשי עמונה.
בשעות הצהריים החל הפינוי. מהמשטרה נמסר: ''משטרת ישראל נוהגת באיפוק ע''מ לאפשר לאותן משפחות של מתיישבים המבקשות להתפנות בהסכמה. יחד עם זאת לא ניתן לאנרכיסטים הנמצאים בעמונה לנצל לרעה את האיפוק של השוטרים המפנים, וככל שתופעל כנגד השוטרים אלימות אנו נפעל בהתאם. בדקות האחרונות שוטרי משטרת ישראל הותקפו ע''י האנרכיסטים בחומרים שהושלכו עליהם וגרמו לצריבות בעיניהם של מספר שוטרים, שאף נזקקו לקבלת טיפול רפואי במקום. משטרת ישראל לא תאפשר זאת ותפעל בהתאם''.
חלק מהתושבים התפנו ברצון, חלק התנגדו באופן פאסיבי כאשר המשטרה הוצרכה להוציא אותם.
העימות עם בני הנוער המתבצרים בבתים נמשך כל העת. על כמה מהשוטרים הושלכה אקונומיקה. מאידך השוטרים פעלו לפעמים בכוח ובברוטאליות. היו פצועים בין הצדדים, וכך גם הרבה עצורים.
פעיל הימין ברוך מרזל נעצר על ידי כוחות המשטרה בעמונה.
המשטרה החליטה להמשיך את הפינוי גם בלילה ומסרה כי ''משטרת ישראל תמשיך את ההיערכות המבצעית לפינוי עמונה באופן רציף גם עם רדת החשיכה. משטרת ישראל נערכה כחלק מהמוכנות לפינוי ממושך''.
משעות הבוקר ועד שעות הערב המאוחרות נאבקו כוחות הביטחון בכ-1,000 שני אדם ששהו בתוך עמונה בניסיון לפנותם. במהלך הלילה הושלם פינוי בתי המגורים בעמונה. עשרות צעירים קשרו עצמם בשלשלאות לקירות ופונו בלילה בכוח מבית המגורים האחרון במאחז.
האתגר שנשאר אחרון: בית הכנסת. בית הכנסת הוא המבנה היחיד שטרם פונה, מתוך הבנה שהמבצע שם עומד להיות מורכב יותר. עשרות צעירים ריתכו את הדלתות והחלונות כבר אתמול בשעות הבוקר, על מנת להקשות על כוחות הביטחון לפרוץ למבנה. מהמשטרה נמסר כי ''נעשים מאמצים להגיע לפינוי בהסכמה ובהידברות כדי למנוע שימוש בכוח''.
כעת, משהסתיים פינוי בית המגורים האחרון, כל המשפחות והצעירים כבר פונו משטח היישוב וכוחות של המשטרה שוהים בכל בית שהתרוקן מלבד בית הכנסת ביישוב, ההערכה היא שפינויו יחל בשעות הבוקר.
מתחילת המבצע נפצעו 24 שוטרים ושוטרות במצב קל, חלקם מחומר חריף שהושלח לעברם, והשאר כתוצאה מהיפותרמיה בקור השורר במקום. חלקם פונו לבתי החולים ומרביתם שוחררו לאחר קבלת טיפול רפואי. בסך הכל עד כה הורחקו באוטובוסים כ-400 צעירים וצעירות שהתגודדו ביישוב. מתחילת הפעילות נעצרו 13 צעירים בגין הפרת הסדר הציבורי, תקיפת שוטרים והפרעה לשוטרים במילוי תפקידם.
גם פצועים מהמפונים היו עקב אלימות השוטרים. כך למשל, לשערי צדק פונו שבעה נפגעים מעמונה. שלושה ילדים, שני אזרחים, שוטר וחייל.
המפונים נערכו מראש עם מצלמות וידאו. כך בניגוד להצהרות השוטרים הוכח שהם כן הפעילו אלימות רבה על המפונים. כך למשל, בתיעוד ווידאו של 'צוות תיעוד עמונה' נראה שוטר דורך בכוונה על אחד המפונים שנאחז באדמה.