לאחר שעות של משא ומתן בין כוחות הביטחון לעשרות הנערים המתבצרים בבית הכנסת במאחז עמונה, שלא צלח. בשעה 13:00 החלו מאות שוטרים ולוחמי מג''ב בפריצה לבית הכנסת. המתבצרים פתחו מטף כיבוי אש, יידו מוטות ברזל, קרשים, פצצות צבע ובקבוקים.
כשעה לאחר הפריצה השתמשו השוטרים בגז מדמיע נגד המתבצרים והחלו לפנותם מבית הכנסת, תוך שהם משתמשים גם בזרנוקי מים כדי להדוף את הנערים. חלק מהמתבצרים יצאו כשהם פצועים ומדממים, מה שמלמד על האלימות שהתחוללה בפנים. במקביל, החלו השוטרים לפנות את תשמישי הקדושה מבית הכנסת.
כעבור כשעה כלל המתבצרים הוצאו מבית הכנסת והמשטרה הכריזה על שליטה באזור בית הכנסת. בית הכנסת נראה כאילו עבר פוגרום, ריק ומחולל.
בשעה 14:50 נמסר מהמשטרה כי ''לפני דקות אחדות הושלם פינוי בית הכנסת בעמונה, ובדקות אלה פועלים השוטרים להרחיק את אחרוני המסתגרים והצעירים הנוכחים במקום ולהעלותם לאוטובוסים. בשעה זו מאפשרת המשטרה לראשי הקהילה להוציא באופן מכובד את תשמישי הקדושה''.
''במהלך הכניסה למתחם השוטרים נתקלו בהתנגדות עזה, שכללה אלימות קשה במיוחד השלכת אבנים, מטפי כיבוי, בקבוקי צבע קרשים ואמצעים נוספים לעבר השוטרים. עד כה כ-17 שוטרים נוספים נפצעו במהלך הכניסה למתחם, שמתווספים ל-24 שוטרים שנפצעו עד כה. כנגד כל פעולות אלימות, המשטרה תפעל באופן נחוש ובלתי מתפשר ותמצה את הדין כנגד פורעי החוק''.
במשטרה הציגו תרסיס גז פלפל ''שאותו ריססו המתפרעים לעבר השוטרים'', וציינו כי מספר שוטרים אף נפגעו מהגז ונפצעו באורח קל, והדגישו כי ''בניגוד לפרסומים, לא בוצע אף שימוש באמצעים מסוג זה מצד השוטרים''.
יצויין, כי השוטרים החלו תחילה בהסרת הביצורים שהקימו הצעירים בפתח בית הכנסת, בהם לוחות ברזל וקרשים, כשהם מצוידים במגני גוף ועיניים, בשל החשש מידויי אבנים והתזת אקונומיקה. השוטרים הגיעו לפתח בית הכנסת כשהם מלווים בכבאים שמצוידים בכלי ריתוך כדי לפרוץ פנימה.
הצעירים בבית הכנסת התיזו מטף מיד עם כניסת הכוחות ובכך עיכבו בעוד מספר דקות את כניסת השוטרים, כמו כן השליכו סיד לעבר הכוחות, מוטות ברזל, בקבוקים ופצצות טבע על השוטרים. 17 שוטרים נפצעו באורח קל, כך גם המון פצועים מהמתבצרים.
עוד נמסר מהמשטרה כי ''התנהגות זו מעידה שפורעי החוק אינם מכבדים את המקום בו הם שוהים ולבטח שלא את ההנהגה המקומית. נדגיש כי מדיניות האיפוק תימשך כל זמן שלא ינקטו פעולות אלימות שתכליתן פגיעה בכוחות הביטחון הפועלים במקום''.
מפקד משטרת מחוז ש''י ניצב משה ברקת אמר: ''השוטרים נכנסו ללא אמצעים מתוך אמירה ברורה, שהוא מקום קדוש. היו אירועים אלימים מאוד ולכן היינו צריכים להיכנס עם קסדות על הראש. עצרנו אנשים שברחו מהאוטובוסים. אנו נבוא איתם חשבון בבית המשפט''.
מפקד המשטרה הוסיף: ''הכניסה הראשונה לבית הכנסת לווה באלימות קשה, כבר בדקות הראשונות נפצעו חמישה שוטרים, מה שלא הותיר לנו פתח שהצריכה להכניס שוטרים ממוגנים. כלפי השוטרים הופעלו נגד השוטרים מטפי כיבוי, מוטות ברזל. אלימות קשה, בטח שלא מתאים למקום קדוש כבית הכנסת''.
ארגון חוננו מדווח כי מעל 20 מתבצרים נפצעו הבוקר במהלך פינוי בית הכנסת. שישה מהם פונו לבתי החולים הדסה עין כרם והר הצופים. עורכי הדין של המחלקה האזרחית בארגון 'חוננו', בדרכם לבית החולים לגבות עדויות ולתעד את הפציעות.